菜農子弟學校創辦於一九五六年。當時北區居民大部份都是以務農為生的農民，由於經濟不景，菜農的生活相當困苦，許多兒童失學。菜農合群社為了讓菜農子弟能有讀書的機會，接受愛國教育，於是發動農友出錢出力，以簡陋的木屋作校舍，在艱苦的條件下創辦了菜農子弟學校。
辦校初期只有兩個班，三位教師，九十二位學生，只開辦至小學四年級。至一九六六年，因應當時家長的要求增辦至小學六年級。隨着本澳經濟的發展，農耕地漸漸消失，取而代之的是一幢幢高樓大廈，就讀本校的學生也變成了以附近居民的子女為主。同時為改善教學環境，菜農合群社於一九七五年斥資興建小學部校舍， 教學的設備也逐步得到完善，菜農子弟學校逐漸成為廣受北區居民歡迎的一所學校。
隨着入讀的學生人數越來越多，為舒緩地方不足，政府於一九九四年撥出馬場大馬路222-228號作為菜農子弟學校幼稚園校舍(威龍分校)，使本校的發展規模進一步擴大，成為"一校兩部"。至二零零一年，北區中學學位需求日增，有見及此辦校團體決定增辦中學部，並由初中一年級開始，逐年「拾級而上」，使本校的發展步伐更加穩固，教學質量更有保證。二零一三年再增設位於永寧街另一幼稚園分校（灣景分校）。
現在本校中、小、幼總計逾二千四百名學生，共有七十四個班，教職員工二百一十人。
本校一直以來重視學生素質培養，堅持教書育人為宗旨。把品德教育放在首位，要求學生"在家做個好孩子，在校做個好學生，在社會做個好公民"。教育學生認識社會、參與社會、服務社會。鼓勵同學走出課堂積極參與各種校外活動，培養學生愛祖國、愛澳門、樂於助人的精神。
與此同時，要求學生掌握學科知識，打下堅實的基礎，鼓勵同學們發揮特長，通過參加多元化的康體活動及校內外各項學界比賽，從而增強自信心，既發展個性，又培養團隊的合作精神。
2017年，本校榮幸地獲得澳門特區政府頒授教育功績勳章，小小的一面勳章，蘊含著莫大的光榮，亦見證了辦學團體及歷年教職員工對學校的努力付出。
回顧菜農子弟學校的發展，充滿困難和挑戰，從無到有、從小到大、從簡陋到完善，今日的成績是所有持份者──辦學團體、教職員工、家長、校友、學生幾十年來的不斷努力成果。我們深信，在全體教職員工的努力下，學校將會取得更輝煌的成績，為澳門教育事業的發展而貢獻力量。